原因

ミスアライメント。
トランスミッション組付け時に、エンジンのクランクシャフトの軸と、トランスミッションのメインドライブシャフトの軸がずれていた事が原因です。
トランスミッション組付け時に、メインドライブシャフトを無理やり挿入するとミスアライメントの原因となります。

改善策

トランスミッションの組付け時は、
・高さ
・傾斜角
・歯面など
を合わせて無理をしないで、スムーズにメインドライブシャフトを挿入してください。
劣化した軸受け部の交換。
ベルハウジング取付面の異物、傷は除去して組付けを行ってください。